Česká republika se v přístupové smlouvě zavázala k tomu, že odpadní voda z kanalizace všech obcí s více než 2000 ekvivalentních obyvatel (EO) bude do konce roku 2010 vyčištěna podle evropských norem, jinak se nesmí vrátit zpět do přírodního koloběhu. Tato povinnost byla zanesena i do vodního zákona. V případě kraje Vysočina je celková investice do modernizace a výstavby nových kanalizací a čistíren odpadních vod odhadována na jednu miliardu korun.

Podle dostupných informací zatím nemají aglomerace velikosti nad 2000 EO na Vysočině s plněním této povinnosti problémy. Některé aglomerace již kanalizace a ČOV vybudovaly, některé je právě budují a některé se projekčně připravují a usilují o získání finančních prostředků tak, aby tuto povinnost do konce roku 2010 splnily. Z původních 40 aglomerací v kraji Vysočina, na které se vztahovala povinnost zrekonstruovat či vybudovat kanalizace a čistírny odpadních vod do konce roku 2010, se v současné době jedná již jen o 22 aglomerací, které nejsou dosud vyřešeny, uvedl krajský radní pro oblast vodního hospodářství Ivo Rohovský.

Mezi již dokončené akce patří např. Intenzifikace a rekonstrukce ČOV a kanalizační sítě Jihlava za zhruba 400 milionů korun, Rekonstrukce stokové sítě Žďár nad Sázavou za přibližně 200 milionů korun nebo nadregionální projekt Ochrana vod povodí řeky Dyje - I. etapa za 1,4 miliardy korun, který řeší sedm aglomerací v kraji Vysočina a tři aglomerace v kraji Jihomoravském.

Jiné aglomerace netrpělivě očekávaly vyhlášení výzev k přijímání žádostí do operačního programu Životní prostředí. V kraji Vysočina se připravuje např. pokračování II. a III. etapy projektu Ochrany vod povodí řeky Dyje nebo Rekonstrukce ČOV Pelhřimov. Kraj Vysočina taktéž nezahálí a finančně podporuje jednak zpracování projektových dokumentací v rámci Fondu Vysočiny z grantového programu Čistá voda a následně i samotné realizace staveb v rámci dotačního titulu na drobné vodohospodářské ekologické akce.