Nové členské země, kterých se zahájení kontrol týká (ve starých již fungují), se pokoušely začátek inspekcí odložit na rok 2013, kdy budou tamní zemědělci brát stejné dotace jako jejich kolegové ze starých zemí. Evropská komise naopak prosazovala rok 2009. Jednání ale skončilo kompromisem.
„Vzhledem k tomu, že řadu předmětných nástrojů je třeba zavést urychleně, optimálně už v roce 2008, byl schválen kompromisní návrh. Podle něj budou podmínky cross compliance aplikovány postupně v letech 2009 až 2011. Například zásady týkající se welfare zvířat a veřejného zdraví budou pro nové členské státy platit až od roku 2011,“ vysvětlil ministr zemědělství Petr Gandalovič. „Ochota schválit tento návrh ale byla podmíněna příslibem komise pokračovat v debatě ohledně náběhu cross compliance a některých dalších nedořešených otázek ještě jednou v rámci tak zvaného Health Checku, tedy prověrky funkčnosti Společné zemědělské politiky“ dodal 1. náměstek ministra Ivo Hlaváč.
Od roku 2009 tedy budou inspektoři kontrolovat pravidla pro ochranu přírody, registraci dobytka či zpětnou dohledatelnost masa. V roce 2011 přijdou na řadu veterinární pravidla EU či rostlinolékařství. Kontroly zacházení s hospodářskými zvířaty by měly rovněž začít platit v roce 2011, ale ještě existuje určitá možnost, že to bude o něco později.
Během jednoho roku by se u nás mělo uskutečnit zhruba dvě stovky kontrol českých zemědělců, tedy zhruba jedno procento jejich celkového počtu. Výběr bude většinou náhodný, ale inspekce může k jednotlivému farmáři dorazit i na základě nějakého upozornění. Zemědělci se nicméně nemusejí bát, že by je kontroly zdržovaly od práce. MZe chce celou situaci vyřešit tak, že všichni úředníci, veterináři a další inspektoři dorazí na farmu v jeden den. "Především musí to být tak, aby to zemědělcům zjednodušilo život. Není možné aby v pondělí přišel veterinář, v úterý přišla kontrola na kvalitu potravin, ve středu kontrola ze státního zemědělského intervenčního fondu a ve čtvrtek se ten farmář dostal na pole," doplnil Hlaváč.
V případě malého porušení unijních pravidel se zemědělci mohou vyhnout finanční pokutě. Ministři zemědělství se totiž rovněž usnesli, že je zbytečné a administrativně náročné udělovat pokuty ve výši několika desítek eur. V takovém případě dostane farmář jen upozornění. Nejnižší sankce přitom bude činit 100 eur, tedy zhruba 2600 korun.
Podle zástupců českých zemědělců je však opatření znevýhodní v konkurenčním boji na evropském trhu a přinese jim další náklady. "Rozdílné podmínky, se kterými jsme vstupovali do EU, se budou místo stírání více prohlubovat, čímž budou čeští zemědělci více znevýhodněni. Nebudeme dostávat srovnatelné dotace, ale budeme muset plnit stejné normy," řekl k tomu prezident Agrární komory ČR Jan Veleba. Podle předsedy Zemědělského svazu ČR Miroslava Jirovského Čeští zemědělci mají na splnění požadavků mnohem méně času než farmáři v původních členských zemích EU. Unie se na zavádění systému připravovala od roku 1992 do roku 2006 a na rozdíl od tuzemských zemědělců získávali tamní farmáři po celou dobu dotace v plné výši.