Hlavním cílem novely bylo sladit některá ustanovení stávajícího zákona č. 235/2004 Sb. s unijní směrnicí pro oblast DPH (směrnice Rady 2006/112/ES) a judikaturou Evropského soudního dvora. Novela se také dotýká daně z přidané hodnoty u osiv.

Novela obsahuje 313 novelizujících bodů a šest odstavců přechodných ustanovení. Nepřinesla revoluční změny, přináší však řadu změn pro již zajetou praxi a jejich pochopení a zvládnutí bude dosti náročné. Jednou z problematik, kterých se novela přímo dotýká, je stanovení DPH u osiv.
Specifikace zboží a služeb
V příloze číslo 1 došlo ke změně při specifikaci zboží a služeb se sníženou sazbou DPH. Číselný kód Harmonizovaného systému popisu číselného označování zboží a název zboží u první položky se nahrazuje tímto textem: „01-05, 07-23, 25 Potraviny včetně nápojů (vyjma alkoholických, vymezených zvláštním předpisem [70]) a krmiva pro zvířata; živá zvířata, semena, rostliny a přísady, obvykle určené k přípravě potravin; výrobky obvykle používané jako doplněk nebo náhražka potravin; voda. Mimo zboží zařazeného do číselných kódů 2203 – 2208.
Odtud lze odvodit, že do základní sazby od 1. ledna 2009 náleží živá zvířata prodávaná například v maloobchodě (za jiným účelem než získání potravin), rostliny a výrobky určené výhradně pro průmyslové využití, respektive pro jiné využití než ke krmení a výrobě potravin (např. len, konopí, kukuřice a kukuřičná siláž určená pro výrobu bioplynu apod.).
Dlouhou dobu nikdo nevěděl, zda se podmínka „obvykle určené k přípravě potravin“ vztahuje pouze k předcházejícímu slovu „přísady“. Pokud by tomu tak bylo, osiva polních plodin včetně osiv zelenin, květin, léčivých a aromatických rostlin, dřevin a trav by zůstala ve snížené sazbě 9 %.
Českomoravská šlechtitelská a semenářská asociace v čele s jejím prezidentem Ing. Janem Grůzou zaslala na Ministerstvo financí ČR dva dopisy s dotazem k tomuto spornému bodu. První dopis zůstal bez odpovědi, ve druhém, adresovaném přímo k rukám ministra Ing. Miroslava Kalouska, upřesnil ministr financí, že „Uvedená směrnice neumožňuje u živých zvířat, semen, rostlin a přísad použitých jinak jak k přípravě potravin, uplatnit sníženou sazbu daně z přidané hodnoty.„ O správném vyložení zákona se dotazovatelé nedozvěděli nic.

Na dotaz odpověděl odborník
Na to, zda a jaké další kroky podnikla Českomoravská šlechtitelská a semenářská asociace, jsme se zeptali jejího víceprezidenta a ředitele společnosti Semo, s. r. o., Ing. Jana Prášila. „Dopis adresovaný přímo mistrovi financí nebyl zbytečný. Po vysvětlení celé záležitosti na jednání zástupců asociace (prezident Ing. Jan Grůza, víceprezident Ing. Jan Prášil a člen představenstva Ing. Antonín Doleček) přímo na ministerstvu financí pomohlo iniciovat doplnění právě probíhající novely zákona o DPH v tuto chvíli již s pozitivním výsledkem.
Ve výše uvedené příloze byl doplněn text: „V příloze č. 1 se za slova „06 Živé dřeviny a jiné rostliny; cibule, kořeny a podobné; řezané květiny a dekorativní listoví“ vkládají slova „07-12 Rostliny a semena“.
Tato novela prošla 3. března 2009 třetím čtením Poslanecké sněmovny, 26. března 2009 ji schválil Senát ČR a následující den 27. března 2009 ji podepsal prezident republiky. Nyní tedy platí u všech osiv, včetně zeleninových, květinových, osiv dřevin a travních směsí opět snížená sazba DPH, tedy devět procent.