Se změnami v nemocenském pojištění přibudou zaměstnavatelům povinnosti, protože zaniká rozdělení zaměstnavatelů na malé organizace (pod 25 zaměstnanců) a organizace (nad 25 zaměstnanců).

Zaniká rozdělování zaměstnavatelůna malé organizace (do 25 zaměstnanců) a organizace (nad 25 zaměstnanců) a pro obě skupiny se používá pojem zaměstnavatel. Nový zákon č. 187/2006 Sb.,o nemocenském pojištění, ve znění pozdějších předpisů, stanoví pro zaměstnavatele povinnosti.

Stručný přehled nejdůležitějších z nich:
Zaměstnavatel, který byl dosud povinen vyplácet svým zaměstnancům dávky nemocenského pojištění (tzn. organizace s více než 25 zaměstnanci) pokračuje i v roce 2009 ve výplatě dávek nemocenského pojištění, na které vznikl nárok před 1. 1. 2009 a tento nárok přechází do roku 2009, a to po dobu nejvýše 1 roku. Tyto dávky se vyplácí podle právních předpisů platných před 1. 1. 2009. Podle těchto předpisů se musí k 1. 1. 2009 přepočítat vyplácené dávky podle nových redukčních hranic. K 1. 1. 2009 se pro účely tohoto přepočtu zvyšuje dosavadní redukční hranice 550 Kč na 610 Kč a dosavadní redukční hranice 790 Kč na 870 Kč. Přepočet dávek k 1. 1. 2009 bude proveden bez žádosti příjemce dávky, provede jej ten, kdo dávku vyplácí.

Pokud zaměstnává alespoň jednoho zaměstnance, má v nemocenském pojištění ohlašovací a oznamovací povinnost. Do 8 dnů od nástupu prvního zaměstnance se musí na předepsaném tiskopise přihlásit u příslušné okresní správy sociálního zabezpečení (v Praze Pražské, v Brně Městské) -  OSSZ/PSSZ/MSSZ - do registru zaměstnavatelů. Stejně tak má povinnost do 8 dnů hlásit jakoukoliv změnu a podat odhlášku z registru zaměstnavatelů od skončení zaměstnání posledního zaměstnance.

Informuje o nástupu nového zaměstnance do zaměstnánínejpozději do 8 dnů od jeho nástupu příslušnou OSSZ/PSSZ/MSSZ na novém tiskopisu „Oznámení o nástupu do zaměstnání". Hlásí také jakékoliv změny údajů uvedených na tiskopisu a při ukončení zaměstnaneckého poměru oznamuje příslušné OSSZ/PSSZ/MSSZ ukončení zaměstnání.
Přijímá od svých zaměstnanců, případně od bývalých zaměstnanců, žádosti o dávky nemocenského pojištění (tj. např. k tomu určenou část tzv. neschopenky,rozhodnutí o potřebě ošetřování, žádost o peněžitou pomoc v mateřství, žádost o vyrovnávací příspěvek v těhotenství a mateřství). K žádosti zaměstnavatel připojí vyplněný tiskopis „Příloha žádosti o dávku nemocenského pojištění" a neprodleně vše pošle příslušné OSSZ/PSSZ/MSSZ.
Sráží pojistné zaměstnanci ze mzdy (platu) a odvádí je spolu s pojistným, které musí platit sám, na účet příslušné OSSZ/PSSZ/MSSZ. Spolupracuje s orgány nemocenského pojištění,například na jejich žádost sděluje údaje potřebné pro stanovení nároku a výše dávek nemocenského pojištění a poskytuje součinnost kontrolním pracovníkům OSSZ/PSSZ/MSSZ.

Vyplácí zaměstnanci prvních 14 dnů pracovní neschopnosti (PN) nebo karantény náhradu mzdy. A to zaměstnanci, který je nemocensky pojištěn a splňuje také podmínky nároku na nemocenské. Náhrada mzdy náleží za pracovní dny - při dočasné PN od čtvrtého pracovního dne (přikaranténě od prvního pracovního dne), a to jen v době trvání pracovního vztahu.
Náhrada mzdy není dávkou nemocenského pojištění a zaměstnavatel ji vyplácí na základě předložení dokladů o PN (tím je rozhodnutí o vzniku dočasné PN a rozhodnutí o ukončení dočasné PN nebo potvrzení o trvání PN, trvá-li PN déle než 14 kalendářních dnů). Vypočítává se z průměrného výdělku, který se stanovuje stejně, jako kdyby v den vzniku PN nastupoval zaměstnanec na dovolenou. Náhrada mzdy se do výše nároku podle zákoníku práce nedaní, zaměstnavatel si v roce 2009 polovinu částky, kterou zaměstnancům zúčtoval podle zákoníku práce na náhradě mzdy v kalendářním měsíci, odečte z pojistného odvedeného v tomto měsíci. Z náhrady mzdy do výše nároku podle zákoníku práce se neplatí pojistné na sociální či zdravotní pojištění.

Kromě této povinnosti má zaměstnavatel oprávnění kontrolovat, zda zaměstnanec dodržuje stanovený režim dočasně práce neschopného pojištěnce po dobu prvních 14 kalendářních dnů dočasné PN. O této kontrole pořizuje písemný záznam, ve kterém uvede výsledek kontroly. Pokud při kontrole zjistí porušení režimu, zasílá zaměstnavatel záznam o kontrole dočasně práceneschopnému pojištěnci, ošetřujícímu lékaři a příslušné OSSZ/PSSZ/MSSZ. Může dát také příslušné OSSZ podnět ke kontrole důvodnosti trvání dočasné PN a ke kontrole dodržování režimu dočasně práceneschopného pojištěnce. Stejně tak může požadovat od ošetřujícího lékaře informaci o místě pobytu zaměstnance v době dočasné PN a o rozsahu a době povolených vycházek.

Nemocenského pojištění nově nejsou účastni společníci a jednatelé společností s ručením omezeným a komanditisté komanditních společností,kteří mimo pracovněprávní vztah vykonávají pro společnost práci, za kterou jsou společností odměňováni, a členové v družstvech, kde podmínkou členství v družstvu není pracovněprávní vztah k družstvu. Tyto osoby odhlásí zaměstnavatel do 31. 1. 2009 a současně oznámí, zda činnost těchto osob zakládá účast na důchodovém pojištění. Dále je zaměstnavatel povinen písemně ohlásit příslušné OSSZ do 31. 1. 2009 smluvní zaměstnance a zaměstnance, jejichž zaměstnání je od 1. 1. 2009 zaměstnáním malého rozsahu, tj. zaměstnáním, ve kterém je sjednán započitatelný příjem nižší než rozhodný příjem (v roce 2009 činí rozhodný příjem 2 000 Kč) nebo není sjednán vůbec.
 Zdroj: Česká správa sociálního zabezpečení