K vytvoření uceleného systému poradenství ministerstvo navrhuje a administrativně zajišťuje podpůrné programy z národních dotací a dále metodicky usměrňuje a podporuje činnost jednotlivých prvků systému.
Národní rada poradenství a vzdělávání pro zemědělství a rozvoj venkova je poradním a iniciačním orgánem ministra zemědělství. Činnost Národní rady se řídí Statutem a jednacím řádem.
Ministerstvo pro svoji činnost využívá poskytnutá doporučení, náměty a připomínky členů Národní rady a tím zajišťuje účast zástupců profesních a agrárních nevládních organizací na tvorbě a stanovení poradenských a vzdělávacích cílů, postupů a hodnocení.
Ústav zemědělské ekonomiky a informací (ÚZEI) je státní příspěvkovou organizací Ministerstva zemědělství (MZe), jejíž činností je mezi jinými vzdělávání a poradenství. Ústav je pověřen vedením Registru poradců akreditovaných MZe (dále jen „Registr“) a kontrolou správnosti údajů v něm uvedených, administrativními úkony spojenými s akreditačním řízením a plněním povinností poradce a zajišťuje i kontrolní činnost u akreditovaných poradců. V případě potřeby organizuje vzdělávací akce pro lektory a konzultanty poradenského systému MZe a zpracovává metodické materiály. K zajištění tohoto cíle koordinuje i odbornou činnost vědecko-výzkumných institucí - konzultační činnost těchto institucí je významným prostředkem transferu výsledků vědy a výzkumu do praxe. V programovém období 20014-2020 oddělení Poradenství a vzdělávání ÚZEI v rámci operace PRV 16.1. Operační skupiny školí vybrané inovační zprostředkovatele/brokery, jejichž úkolem je založit operační skupiny (OS) v oblasti zemědělství nebo potravinářství a ve spolupráci s jednotlivými členy OS vypracovat společný projekt.