Institucionální podpora VaV na úrovni rozpočtové kapitoly MZe bude výzkumným organizacím přidělována dle zásad Reformy systému výzkumu, vývoje a inovací v České republice na základě dosažených výsledků, v souladu s Metodikou hodnocení VaV a jejich výsledků.
MZe v současné době poskytuje institucionální podporu celkem 20 výzkumným organizacím:
- Agritec Plant Research s.r.o.
- Agrotest fyto, s.r.o.
- Agrovýzkum Rapotín s.r.o.
- Chmelařský institut s.r.o.
- Národní zemědělské muzeum Praha
- OSEVA vývoj a výzkum, s. r. o.
- Ústav zemědělské ekonomiky a informací
- Výzkumné centrum SELTON, s. r. o.
- Výzkumný a šlechtitelský ústav ovocnářský Holovousy s.r.o.
- Výzkumný ústav bramborářský Havlíčkův Brod, s.r.o.
- Výzkumný ústav lesního hospodářství a myslivosti, v.v.i.
- Výzkumný ústav meliorací a ochrany půdy, v.v.i.
- Výzkumný ústav mlékárenský s.r.o.
- Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, a.s.
- Výzkumný ústav potravinářský Praha, v.v.i.
- Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
- Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.
- Výzkumný ústav zemědělské techniky, v.v.i.
- Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.
- Zemědělský výzkum, spol. s r.o.