Strategickým posláním českého zemědělství je podílet se na trvalém zajištění potravinového zabezpečení na národní a evropské úrovni a přispět k energetické soběstačnosti ČR, při zvýšení efektivnosti a konkurenceschopnosti a při podstatném zlepšení ochrany využívaných přírodních zdrojů, vztahů k tvorbě krajiny, rozvoji venkova a zvyšování rekreačního potenciálu, a to s ohledem na probíhající klimatickou změnu. Vizí výzkumu, vývoje a inovací resortu Ministerstva zemědělství je „Podpora inovativního zemědělství a lesnictví prostřednictvím pokročilých postupů a technologií“. Pro naplnění poslání a vize jsou definovány tři klíčové oblasti:

• Udržitelné hospodaření s přírodními zdroji
• Udržitelné zemědělství a lesnictví
• Udržitelná produkce potravin

V rámci těchto klíčových oblastí se s různou vahou uplatní celkem devět výzkumných směrů: půda, voda, biodiverzita, lesnictví a navazující odvětví, rostlinná produkce a rostlinolékařství, živočišná produkce a veterinární medicína, produkce potravin, zemědělská technika a bioekonomie.