Institucionální podpora VaV na úrovni rozpočtové kapitoly MZe bude výzkumným organizacím přidělována dle zásad Reformy systému výzkumu, vývoje a inovací v České republice na základě dosažených výsledků, v souladu s Metodikou hodnocení VaV a jejich výsledků. 

MZe v současné době poskytuje institucionální podporu celkem 20 výzkumným organizacím: 

• Agritec Plant Research s.r.o.
• Agrotest fyto, s.r.o.
• Agrovýzkum Rapotín s.r.o.
• Chmelařský institut s.r.o.
• Národní zemědělské muzeum Praha
• OSEVA vývoj a výzkum, s. r. o.
• Ústav zemědělské ekonomiky a informací
• Výzkumné centrum SELTON, s. r. o.
• Výzkumný a šlechtitelský ústav ovocnářský Holovousy s.r.o.
• Výzkumný ústav bramborářský Havlíčkův Brod, s.r.o.
• Výzkumný ústav lesního hospodářství a myslivosti, v.v.i.
• Výzkumný ústav meliorací a ochrany půdy, v.v.i.
• Výzkumný ústav mlékárenský s.r.o.
• Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, a.s.
• Výzkumný ústav potravinářský Praha, v.v.i.
• Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
• Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.
• Výzkumný ústav zemědělské techniky, v.v.i.
• Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.
• Zemědělský výzkum, spol. s r.o.