Institucionální podpora VaV na úrovni rozpočtové kapitoly MZe bude výzkumným organizacím přidělována dle zásad Reformy systému výzkumu, vývoje a inovací v České republice na základě dosažených výsledků, v souladu s Metodikou hodnocení VaV a jejich výsledků.
MZe v současné době poskytuje institucionální podporu celkem devíti organizacím, jichž je zřizovatelem; z toho sedmi veřejným výzkumným institucím:
- Výzkumnému ústavu lesního hospodářství a myslivosti, v.v.i
- Výzkumnému ústavu meliorací a ochrany půdy, v.v.i
- Výzkumnému ústavu potravinářskému Praha, v.v.i.
- Výzkumnému ústavu rostlinné výroby, v.v.i.
- Výzkumnému ústavu veterinárního lékařství, v.v.i.
- Výzkumnému ústavu zemědělské techniky, v.v.i.
- Výzkumnému ústavu živočišné výroby, v.v.i.
a dvěma příspěvkovým organizacím:
- Národnímu zemědělskému muzeu Praha
- Ústavu zemědělské ekonomiky a informací