Důležitou součástí novely je také evidence krajinných prvků. Jejím smyslem je zajistit, aby rozvoj zemědělství a zvyšování kvality životního prostředí nebyly v opozici, jak se tomu doposud v řadě případů stávalo. Informoval o tom ministr zemědělství Petr Gandalovič.

„Krajina, jakou známe, je výsledkem práce zemědělců, lesníků a vodohospodářů. Pomocí novely zákona o zemědělství seznamujeme hospodáře v krajině s požadavky na správnou zemědělskou praxi,“ uvedl ministr.
Novela zavádí systém cross compliance (systém křížové shody). Jeho zakotvení v českém zákonodárství je pro ČR jako členský stát Evropské unie povinné od roku 2009. V opačném případě by Česká republika od počátku příštího roku nemohla nadále využívat dotační prostředky EU.
„Zákon zakotví role současných kontrolních orgánů, které se stanou pomocnou rukou pro zemědělce v tom, jak tyto požadavky dodržet. Současné zákony platné v Česku i Evropské unii jsou rozsáhlé a mohou být často nepřehledné. Nový systém bude formou návodu či doporučení pomáhat dodržet pracovní postupy při hospodaření tak, aby nebyl ohrožen veřejný zájem, ale zároveň aby byla zachována ekonomická stabilita zemědělských podniků,“ vysvětlil Gandalovič.
Zákon také nově řeší evidenci krajinných prvků. Ty tvoří hlavní část členité a rozmanité krajiny a je nutné o ně pečovat. Proto jsou kilometry stávajících i nových alejí, vodních a lesních ploch, mezí a remízů zaneseny do evidence zemědělské půdy a stanou se tak nedílnou součástí správné péče o krajinu. Zemědělci budou mít podle ministra možnost čerpat prostředky na odpovídající údržbu těchto cenných biotopů, které mají blahodárný vliv na udržení zdravého životního prostředí a tvoří krajinný ráz. Zákon také pružně reaguje na zavádění nových kultur, jakými jsou například energetické plodiny - obnovitelné zdroje energie.
„V zemědělské evidenci budou zároveň zahrnuta jednotlivá hospodářství. To považujeme za zásadní zejména v dobách řešení krizových situací, například výskyty nemocí. Tato evidence je klíčová pro rychlou lokalizaci případné nákazy a okamžitou reakci našich specialistů,“ dodal Gandalovič.

Mluvčí minsiterstva zemědělství Petr Vorlíček vyjmenoval, co je dále obsahem novely zákona o zemědělství.
 Rozšiřuje ustanovení týkající se evidence využití půdy podle uživatelských vztahů zejména s ohledem na nutnost zavedení nové evidence krajinných prvků a evidence objektů sloužících k chovu hospodářských zvířat,
 Rozšiřuje výčet druhů zemědělských kultur na základě požadavků předpisů ES, zavádí možnost obnovy travního porostu.
 Rozšiřuje ustanovení zákona o problematiku provádění kontrol podmíněnosti (cross compliance), které jsou nezbytnou součástí administrace dotací Státního zemědělského a intervenčního fondu (SZIF) pro přímé platby i opatření rozvoje venkova a které budou prováděny příslušnými kontrolními a dozorovými orgány na základě jejich kompetencí; výsledky těchto kontrol budou poskytovány SZIF k rozhodování o poskytnutí dotace.
 Zpřesňuje ustanovení týkající se podnikání v zemědělství a evidence zemědělského podnikatele vyplývající z aplikační praxe zákona.
 Zpřesňuje ustanovení týkající se činnosti ministerstva zejména v oblasti dotační, pěstování geneticky modifikovaných odrůd a kontrolní, včetně nezbytných legislativně technických zpřesnění zákona.