V lednu 2009 došlo k zásadním změnám v právní úpravě ekologického zemědělství v Evropském společenství. Nařízení Rady č. 834/2007 o ekologické produkci a označování ekologických produktů a o zrušení nařízení (EHS) č. 2092/91 (dále jen „ NR č. 834/2007“) mimo jiné rozšířilo povinnosti členských států podřídit kontrolní systémy ekologického zemědělství také podmínkám nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 882/2004 o úředních kontrolách za účelem ověření dodržování právních předpisů týkajících se krmiv a potravin a pravidel o zdraví zvířat a dobrých životních podmínkách zvířat (dále jen „nařízení o úředních kontrolách“ nebo „NR č. 882/2004“). S platností nových právních předpisů a s ohledem na stoupající počet ekologických podniků došlo proto v rámci současného kontrolního systému k rozdělení činností a pravomocí. Ke kontrole ekologického zemědělství byl vedle stávajících kontrolních subjektů pověřen od 1. 1. 2010 také ÚKZÚZ. Soukromé kontrolní subjekty KEZ o.p.s., ABCert AG a Biokont, s.r.o., budou zajišťovat kontrolní činnosti spojené s vydáním osvědčení o původu bioproduktu, biopotraviny nebo ostatního bioproduktu.