Nejčastějším problémem je nedodržování provozního řádu a porušování technologické kázně. Následkem je snižování výkonu stanic a zápach. To ovšem není obecně vinou bioplynových stanic, ale nezodpovědností provozovatelů. Na ochranu obyvatel a v boji proti nezodpovědným provozovatelům připravilo Ministersvo životního prostředí ČR metodický pokyn, o podmínkách schvalování bioplynových stanic před uvedením do provozu, který zahrnuje i provozní podmínky bioplynových stanic. Jde o systémový nástroj, který má pomoci úředníkům při povolování těchto nových technologií, ale také informovat budoucí investory o zákonných pravidlech, která musí dodržovat. Pokyn úřad vydá nejpozději do konce září 2008. Informoval o tom mluvčí ministerstva životního prostředí Jakub Kašpar.

Mnoho problémů lze totiž podchytit již ve schvalovacím procesu před výstavbou bioplynové stanice a provoz povolit podle schváleného provozního řádu. Za neplnění povinností potom mohou být provozovatelé sankcionováni.