Systém podpory má být stejný jako v ostatních zemích Unie, tj.  formou vrácení spotřební daně. Některé podmínky jsou však podle EK diskriminační. Jde tedy o úpravu navrženého systému, přímé dotace výrobcům biopaliv či povinné přimíchávání biosložky bez podpor. Vláda ČR proto uložila Mládkovi nechat zpracovat analýzy všech tří variant a především  jejich dopady na státní rozpočet, a poté navrhnout jednu z nich. 

Podle dosavadního návrhu měl stát biopaliva podpořit daňovou úlevou spotřební daně, která má činit 11,84 koruny na litr biolihu přimíchaného do benzinu a 9,95 koruny na litr metylesteru řepkového oleje (MEŘO) přidaného do nafty. Náklady státního rozpočtu by pro tok 2007 byly přibližně 4,3 miliardy korun. Evropské komisi se nelíbí zejména podmínka, že by podporu mohlo dostat jen biopalivo vyrobené v ČR, a také stanovení jeho minimální ceny.

Podle MZe funguje vratka daně v řadě zemí EU a biopaliva zavedená s touto podporou by nezdražila pohonné hmoty. Systém ale znamená nejvyšší náklady pro státní rozpočet a bylo by třeba zohlednit výhrady EK, která podporu musí schválit.

Komise dává přednost stanovení povinného přimíchávání biopaliv do pohonných hmot bez podpor. Jako další variantu navrhuje přímo podporovat výrobce biopaliv dotacemi.

První varianta navržená komisí by podle MZe zdražila benzin asi o 19 až 25 haléřů na litr a naftu přibližně o 50 až 60 haléřů na litr. Navíc je diskriminační k tuzemským výrobcům biopaliv i pohonných hmot, protože okolní státy biopaliva podporují. Předností je naopak to, že by tento způsob nezatížil státní rozpočet.

Přímá podpora výrobců biopaliv by stát vyšla v roce 2007 asi na 3,6 miliardy korun ročně a vyplacené dotace by se musely kontrolovat. Výhodou je, že podobný systém již prakticky funguje pro MEŘO, a navíc by zavedení biopaliv nezpůsobilo zdražení pohonných hmot.

Zdroj: MZe