Kormorán velký je podle platné právní úpravy zařazen mezi zvláště chráněné druhy živočichů v kategorii „ohrožený“. Nově bude ze seznamu zvláště chráněných druhů, obsaženého ve vyhlášce č. 395/1992 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů, vyškrtnut.

„Vyškrtnutí ze seznamu zvláště chráněných druhů neznamená, že by již kormorán velký nebyl chráněn. Chráněni kormoráni budou stejně jako všechna ptactva v České republice i v celé Unii podle příslušných zákonů a směrnic, ale nebudou na seznamu těch nejvíce ohrožených druhů, u kterých hrozí vyhynutí,“ říká ministr životního prostředí Tomáš Chalupa.

S ohledem na současný stav celoevropské populace kormorána velkého i s ohledem na to, že z evropského práva nevyplývá žádný požadavek na zvýšenou míru ochrany tohoto druhu, je stávající ochrana nadbytečná. Zařazení kormorána velkého mezi zvláště chráněné druhy živočichů odráželo stav jeho populace na přelomu 80. a 90. let, kdy se na našem území vyskytoval pouze při jarním a podzimním tahu a nehnízdil zde téměř žádný pár.

V současnosti hnízdící populace u nás čítá asi 300 párů, což je počet velmi malý, avšak při jarním a podzimním tahu se na našem území pohybují tisíce párů z jiných částí Evropy a dalších 8 000 až 10 000 jedinců kormoránů velkých u nás ročně zimuje.

„To už je číslo, které má fatální vliv nejenom na stav ryb a populace v našich řekách i rybnících, ale také na stromy, které jsou i díky trusu ničeny, poškozovány a klasickým příkladem v této věci je problém, který dnes řešíme třeba v Lednicko-valtickém areálu,“ říká ministr životního prostředí Tomáš Chalupa.

Kormorán velký je v současné době zároveň zařazen mezi druhy, u nichž je hrazena náhrada jimi způsobených škod (na rybách) podle zákona č. 115/2000 Sb., o poskytování náhrad škod způsobených vybranými zvláště chráněnými živočichy. Po vyřazení kormorána velkého ze seznamu zvláště chráněných druhů nebudou již škody na rybách postupem podle zákona č. 115/2000 Sb. hrazeny. Škodám způsobeným kormorány subjektům podnikajícím v rybářství by mělo být předcházeno prostřednictvím odlovu a plašení.