Z důvodu celosvětové pandemie onemocnění COVID-19 a v souladu s vyhlášením nouzového stavu na území ČR bylo na základě usnesení vlády ze dne 12. 6. 2020 č. 198 o přijetí krizového opatření s účinností ode dne 14. 3. 2020 zastaveno přijímání žádostí o víza a přechodné a trvalé pobyty na všech zastupitelských úřadech ČR v zahraničí, zastaveno řízení o žádostech o schengenská víza a přerušeno řízení o žádostech o oprávnění k pobytu nad 90 dní. Z těchto důvodů byl přerušen i příjem a další řízení o dříve nabraných žádostech o zaměstnanecké karty v rámci Programu kvalifikovaný zaměstnanec.