Ze zákona byla vyjmuta ustanovení, která nyní obsahují uvedená nařízení EU jako ohlašovací povinnost výskytu karanténních škodlivých organismů, opatření při zjištění výskytu nebo podezření z výskytu těchto škodlivých organismů, podmínky pro přemísťování rostlin, rostlinných produktů a jiných předmětů, požadavky a povinnosti související s vystavováním rostlinolékařských pasů.

Do zákona byla naopak vložena nová ustanovení o procesních postupech při registraci provozovatelů pro rostlinolékařské účely, při řízení o oprávnění k vydávání rostlinolékařských pasů a šetření zdravotního stavu rostlin, na které mají být rostlinolékařské pasy vydány.

Nové je také ustanovení o podnikových plánech řízení rizik spojených s regulovanými škůdci a původci chorob. V případě schválení tohoto plánu ze strany ÚKZÚZ podléhá provozovatel méně často úředním kontrolám ze strany ÚKZÚZ.

Zákon rovněž nově pověřuje ÚKZÚZ vydáváním rozhodnutí o oprávnění provozovat „karanténní stanici“ nebo „izolační zařízení“, která slouží k zabránění šíření karanténních škodlivých organismů při manipulaci s těmito organismy při výzkumu, odrůdovém šlechtění nebo jejich diagnostice.

V oblasti dřevěného obalového materiálu, který je významným prostředkem šíření dřevokazných škůdců a původců chorob v mezinárodním obchodu, byla v kontextu s nařízením 2016/2031 upravena problematika jeho ošetřování, oprav a označování..

Přehled změn ohledně nové fytosanitární legislativy