Chemická dezinfekce půdy je stále obtížnější. Z tohoto důvodu hledají nizozemští vědci alternativní metody. První pozitivní zkušenosti byly získány s biologickou dekontaminací půdy k ochraně proti houbám r. Verticillium. Metoda spočívá v zapravení 40 t. ha^–1 a většího množství organické hmoty do půdy. Přitom vznikají zóny s nízkým obsahem kyslíku, kde dochází k usmrcení půdních hub jako Verticillium nebo Fusarium. Dokonce i velmi odolná sklerocia mohou být zničena. Postup je však úspěšný pouze při vhodné teplotě půdy. Přitom platí: čím vyšší teplota, tím lepší účinek.

Po zapravení čerstvé organické hmoty do půdy je potřeba dodat závlahou 50 mm vody a půdu zakrýt vzduchotěsnou fólií. Pro zajištění dobrého účinku musí být půda zakryta 5 až 6 týdnů. Důležité je, aby fólie nebyla poškozena zvěří.

Biologická dekontaminace půdy je poměrně nákladná. V Nizozemsku přijde zapravení 40 t . ha^–1 organické hmoty přibližně na 600 EUR. Fólie stojí 1 250 EUR . ha^–1. Náklady na aplikaci se odhadují na 1 100 – 1 200 EUR . ha^–1. Veškeré náklady tak mohou dosáhnout 3 000 EUR . ha^–1.