Práce do druhé kategorie zařazuje zaměstnavatel, a to do 30 kalendářních dnů ode dne zahájení jejich výkonu nebo změny podmínek odůvodňující zařazení práce do druhé kategorie; do 10 dnů ode dne vykonatelnosti rozhodnutí orgánu ochrany veřejného zdraví, o tom, že práce dosud zařazené do třetí nebo čtvrté kategorie již nejsou pracemi této kategorie. Při oznámení o zařazení prací do druhé kategorie musí zaměstnavatel předložit orgánu ochrany veřejného zdraví údaje rozhodné pro toto zařazení.

Kritéria, faktory a limity pro zařazení prací do kategorií stanoví vyhláška č. 432/2003 Sb.

Do kategorie se nezařazují práce prováděné na pracovištích staveb prozatímně užívaných ke zkušebnímu provozu, který nepřekročí jeden rok.

Zaměstnavatelem předložený návrh je posouzen z hlediska náležitostí uvedených v odst. 3 § 37 zákona č. 258/2000 Sb. a z hlediska odborné správnosti. Posouzení je obvykle spojeno s provedením místního šetření k ověření údajů uvedených v návrhu. Teprve poté je provedeno konečné zhodnocení návrhu o zařazení práce do kategorie.

Pokud je předložený návrh odborně nesprávný, nebo neobsahuje všechny požadované náležitosti, zejména výsledky měření, je zaměstnavateli vrácen k doplnění a správní řízení je přerušeno.

Kategorizace prací je prováděna od roku 2001, stále však přetrvávají nedostatky v předkládaných návrzích. Dobrou úroveň mají většinou návrhy zpracované většími firmami. U menších podniků návrhy často zpracovávají na zakázku externí subjekty, jejichž znalost problematiky hygieny práce je mnohdy problematická.

Pro sběr údajů o expozici zaměstnanců faktorům pracovních podmínek podle jejich zařazení do kategorií byl vytvořen celostátní informační systém kategorizace prací (IS KaPr). Tento systém umožňuje tvorbu a evidenci rozhodnutí o zařazení prací do kategorií, vedení evidence subjektů, jejich provozoven a kontaktních osob (bezpečnostní technik, smluvní pracovní lékař podniku). Modul analýz umožňuje třídění a vyhledávání údajů podle různých kritérií a provádění analýz kategorizace prací na místní i celorepublikové úrovni. Mimo modul kategorizace prací je v IS KaPr vedena evidence kontrol prováděných v rámci státního zdravotního dozoru, včetně lhůtníku. Správcem systému je Koordinační středisko pro resortní zdravotnické informační systémy. Počty evidovaných zaměstnanců již významně nestoupají, což nasvědčuje tomu, že většina sledovaných prací byla zkategorizována.