Dne 5. 1. 2007 nabylo účinnosti nařízení Rady (ES) č. 1/2005 ze dne 22. prosince 2004 o ochraně zvířat během přepravy a souvisejících činností a o změně směrnic 64/432/EHS a 93/119/ES a nařízení (ES) č. 1255/97 (dále jen „nařízení“). Toto nařízení bylo hlavním důvodem pro novelizaci zákona, která byla provedena zákonem č. 312/2008 Sb., kterým se mění zákon na ochranu zvířat proti týrání, zákon o správních poplatcích, a zákon o ochraně přírody a krajiny. Oblast komerční přepravy zvířat již tedy bude v převážné míře upravena pouze tímto mezinárodním nařízením a v českém právním řádu budou obsažena pouze ta ustanovení, která jsou nezbytná pro zajištění aplikace nařízení, a ustanovení, která upravují ochranu zvířat při nekomerční přepravě.
Zákon č. 312/2008 proto upravuje podmínky k ochraně zvířat při nekomerční přepravě, tedy při přepravě, na kterou se nařízení nevztahuje. Například v § 8d obecně vymezuje způsobilost zvířat pro přepravu (základním požadavkem je, že musejí být zdravá a v kondici – způsobilá pro přepravu). Další zásadou nepoužívat nezpůsobilé dopravní prostředky a předcházet utrpení zvířat a minimalizovat podráždění a stres zvířat během přepravy. Protože zvířaty v zájmových chovech jsou často např. koně, ovce, kozy, psi a kočky, jsou v zákoně uvedeny obecně i požadavky na minimální prostorové nároky převážených zvířat, které má podrobně upravit prováděcí právní předpis (vyhláška). Některé požadavky na technické vybavení dopravního prostředku, které stanoví nařízení, je nutno na národní úrovni blíže upravit, proto je v novele zákona (č. 312/2008) obsaženo zmocnění k vydání prováděcího právního předpisu (prováděcí vyhlášky).
Duben zdůraznil, že nadále platí povinnost absolvovat kurzy pro získání osvědčení o způsobilosti pro řidiče a průvodce silničních vozidel. Tyto kurzy však již probíhaly podle dosavadní právní úpravy. V roce 2007 bylo v šesti školicích pracovištích ve 23 kurzech pro dopravce proškoleno dalších 560 osob podle podmínek nařízení. Na konci roku 2007 jejich celkový počet v ČR přesahoval 2700 osob. Doplněním je vyhláškou stanovený způsob, obsah a evidování školení, které musí zabezpečit provozovatelé shromažďovacích středisek pro přepravu, a to pro osoby, které zacházejí se zvířaty.
V důsledku adaptace nařízení bylo novelou zákona o správních poplatcích zavedeno několik nových správních poplatků. Jedná se o poplatky za vydání rozhodnutí o žádosti o povolení dopravce (200 Kč), vydání rozhodnutí o žádosti o povolení dopravce pro dlouhotrvající cesty (200 Kč), vydání rozhodnutí o žádosti o vydání osvědčení o schválení silničního dopravního prostředku pro přepravu hospodářských zvířat za každý silniční dopravní prostředek nebo plavidlo uvedené v žádosti (200 Kč).
Státní veterinární správa již od roku 2004 upozorňovala přepravce zvířat, aby jim včas umožnila splnit požadavky nařízení ES bez uvedených poplatků. Lze tedy předpokládat, že většina dopravců živých zvířat bude mít udělena výše uvedená povolení a osvědčení již před nabytím účinnosti právní úpravy a nová zákonem stanovená právní úprava tedy nebude znamenat výrazné zatížení podnikatelské sféry. Stejně tak SVS ČR upozorňovala, že naopak přepravcům zvířat, kteří uvedené podmínky nesplnili a byli pouze registrováni, tedy získali registrační list dopravce podle dosavadních právních předpisů, jsou povinni požádat do šesti měsíců ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona příslušný orgán veterinární správy o povolení dopravce, neboo povolení dopravce pro dlouhotrvající cesty a osvědčení o schválení silničních dopravních prostředků nebo osvědčení o schválení plavidel pro přepravu hospodářských zvířat.
Pokud budou komerční přepravu zvířat provádět bez schválení a evidování, hrozí jim sankce, například pokuta až do výše 50 0000 Kč, dodal Duben.