Při konvenčním způsobu dojení lze odběrem vzorků při rozdojování rychle rozeznat změny v mléce. U metod automatického dojení (AMV) se k rozeznání odlišného mléka všeobecně využívá vodivosti mléka v úrovni čtvrtě - často také s pomocí změn barvy. Tato měření jsou svou citlivostí ještě nedostatečná. Proto se zkouší nové metody. Dalším problémem je čistění struků. U automatických způsobů dojení se provádí systémem kartáčů nebo separátními čisticími násadci. Tento automatický systém není možno přizpůsobit individuálnímu stupni znečistění krávy, ani nelze zkontrolovat účinek čistění. Výsledky čistění jsou podle firmy výrobce a vedení podniku rozdílné. Nedostatečné obnovování kartáčů, studená voda místo teplé, nevyhovující pulsace dojení a krávy nevhodné pro dojení robotem mohou působit na čistotu rovněž tak negativně jako nedostatečný počet lehacích boxů, malé množství podestýlky nebo její nedostatečná kvalita nebo neprováděná selekce na zdravotní stav vemene. Dalšími příčinami vysokého množství choroboplodných zárodků jsou nedostatečné čistění dojicího zařízení, mléčného potrubí anebo nádrže na mléko. Zejména vůči teplotě odolné choroboplodné zárodky mohou přežít pasterizaci a ovlivňovat trvanlivost mléčných výrobků. Jak je uvedeno v příspěvku Ústavu hygieny a bezpečnosti výrobků Výzkumného ústavu výživy a potravin v Kielských mlékárenských výzkumných zprávách (Kieler Milchwirtschaftlichen Forschungsberichten), je čistění systému v mnoha podnicích nedostatečné. Proto platí: před hlavním čistěním odstranit mléčný filtr a po čistění vložit filtr čistý. Při dodržování všech parametrů pro čistění (doba trvání, teplota, čisticí roztok a turbulence v potrubním systému) by se při denním dvojím čistění mělo trvale dosahovat nízkých počtů choroboplodných zárodků. Pozitivní nálezy inhibitorů jdou často na vrub chyby managementu. Důležité je včasné vložení údajů o ošetření antibiotiky do programu automatického dojení, dodržování čekací doby a čistění zařízení po dojení ošetřovaných zvířat. Aby se bezpečně zabránilo prodlouženým dobám uvolňování mléka, které mohou vzniknout při nízké frekvenci pulsů, měly by se ošetřované dojnice dojit nejméně dvakrát denně.