Vyhláška 136/2004 Sb. vydaná na základě zákona o šlechtění, plemenitbě a evidenci zvířat 154/2000 Sb. byla vyhláška 136/2004 Sb. s účinností od 20. 7. 2009 v některých pasážích změněna vyhláškou 213/2009 Sb.,a to především, aby byla v souladu s novými předpisy ES, např. nařízením 21/2004/ES o stanovení systému identifikace a evidence ovcí a koz a nařízením 504/2008/ES, kterým se provádějí směrnice Rady 90/426/EHS a 90/427//EHS, pokud jde o metody identifikace.

Upravují se některé definice (hejno, hala, denní míra úmrtnosti aj.). Změněn je např. § 13 „Způsob a termín označování koní a oslů a jejich kříženců“, § 15 „Označování elektronickým identifikátorem a výžehem“, § 44 „Registrace koně přemístěného z jiného členského státu nebo dovezeného ze třetí země“ a další požadavky ohledně evidence koní v § 48.

V dílu 2 se doplňuje oddíl 7 „Označování jelenovitých a muflonů ve farmovém chovu“.

Dále dochází ke změnám ustanovení týkajících se registrů drůbeže v §§ 64, 64a, 64b, 66, 66a, 67, 68.

Další úprava se týká elektronických identifikátorů - § 97. V přílohách 2 a 4 se mění vzory pro plastové ušní známky pro označování turů a ovcí a koz, doplňuje se příloha 4a týkající se označování zvěře.

Dochází ke změně v příloze 6 ohledně registrace podnikatele a v příloze 12 „Evidence drůbeže“, a v příloze 8 týkající se koňovitých se zrušují části 6 až 8 související s průkazem koně.