Pokud se jedná o problematiku Strukturálních fondů a Fondu soudržnosti je zřejmé, že odpověď na otázku povinnosti vedení účetnictví u příjemců prostředků z těchto fondů nelze hledat v českém právním řádu (tj. v zákoně č. 563/1991 Sb., o účetnictví, ve znění pozdějších předpisů nebo v jiných právních předpisech), neboť tento požadavek vyplývá přímo z komunitárního práva, konkrétně z příslušných nařízení ES, která upravují problematiku strukturálních fondů a Fondu soudržnosti. Tím, že se Česká republika stala k 1.5. 2004 právoplatným členem Evropské unie rovněž přijala acquis communautaire, tj. soubor všech právních pravidel, které tvoří právo ES a tudíž se všechna tato pravidla stala pro Českou republiku okamžikem přijetí závazná se všemi důsledky.
   Nařízení spadá v hierarchii práva ES mezi právo sekundární, je závazným aktem normativní povahy a může tedy přímo zavazovat jak členské státy, tak i jejich vnitrostátní subjekty (osoby). Tato jejich vlastnost vyplývá z článku 249 Smlouvy o založení ES, který stanoví, že "nařízení je závazné ve všech svých částech a bezprostředně použitelné v každém členském státě". Evropský soudní dvůr pak tuto zásadu přímé použitelnosti nařízení svou judikaturou dále konkretizoval, především v tom smyslu, že jakékoliv prováděcí předpisy v národní legislativě jednotlivých členských států týkající se nařízení nejsou přípustná s výjimkou případů, kdy jsou nezbytná, resp. povinná (tj. povinnost konat vyplývá pro členský stát přímo z textu konkrétního nařízení).
   Mezi výše zmíněná nařízení upravující problematiku strukturálních fondů patří zejména Nařízení Rady (ES) č. 1260/1999 ze dne 21. června 1999 o obecných ustanoveních o strukturálních fondech a Nařízení Rady (ES) č. 1264/1999 ze dne 21. června 1999, kterým se mění Nařízení (ES) č. 1164/94 o zřízení Fondu soudržnosti.
   V čl. 38 odst. 1 písm d) Nařízení Rady (ES) č. 1260/1999 ze dne 21. června 1999 o obecných ustanoveních o strukturálních fondech je v originále uvedeno "certifying that the declarations of expenditure presented to the Commission are accurate and ensuring that they result from accounting systems based on verifiable supporting documents", téměř shodná je i formulace použitá v čl. 1 bod 10, písm. d) Nařízení Rady (ES) č. 1264/1999 ze dne 21. června 1999, kterým se mění nařízení (ES) č. 1164/94 o zřízení Fondu soudržnosti "certifying that the declarations of expenditure presented to the Commission are accurate and guaranteeing that they result from accounting systems based on verifiable supporting documents". Tyto texty lze přeložit takto: "potvrzení, že prohlášení o výdajích předkládaná Komisi jsou správná a přesná, a zajištění, že vyplývají ze systémů účetnictví založených na ověřitelných podkladech". V tomto smyslu je upravena rovněž příloha č. 2 "Ověření a výkaz výdajů a žádost o proplacení" k Nařízení Komise (ES) č. 438/2001 ze dne 2. března 2001, kterým se stanoví podrobná pravidla pro provádění nařízení Rady (ES) č. 1260/1999 týkající se řídících a kontrolních systémů pro pomoc poskytovanou v rámci strukturálních fondů a k Nařízení Rady (ES) č. 1386/2002 ze dne 29. července 2002, kterým se stanoví prováděcí pravidla k Nařízení Rady (ES) č. 1164/94 ve vztahu k řídicím a kontrolním systémům podpory poskytnuté z Fondu soudržnosti a postupu provádění finančních oprav a rovněž i další příslušná nařízení.
   V případě, že daný subjekt (příjemce) nebude schopen splnit veškeré povinnosti uložené těmto příjemcům v souvislosti s čerpáním podpor výše zmíněnými nařízeními, vystavuje se riziku, že mu nebudou poskytnuty, resp. že tato skutečnost bude hodnocena ze strany EU jako neoprávněné čerpání těchto prostředků.
   Vzhledem k tomu, že zákonem č. 437/2003 Sb., kterým byl s účinností od. 1.1.2004 novelizován zákon o účetnictví, došlo ke zrušení soustavy jednoduchého účetnictví, tj. účetnictví vedené podle zákona o účetnictví ve znění novely je vždy vedené na principu podvojnosti, vzniká na základě výše zmíněných formulací opodstatněná pochybnost, zda budou dostačovat jiné dokumenty než účetní záznamy (účetní doklady) definované zákonem o účetnictví v souvislosti s vedením účetnictví podle tohoto zákona. Posoudit tuto skutečnost však nemůže Ministerstvo financí, neboť výklad Nařízení Komise (ES) Ministerstvu financí nepřísluší.
   V této souvislosti považujeme za vhodné zmínit, že zákon o účetnictví umožňuje vedení účetnictví rovněž ve zjednodušeném rozsahu, které je svou administrativní náročností obdobný jednoduchému účetnictví; není problematické ani vedení tohoto účetnictví i v písemné podobě bez použití počítače.
 Pokud se jedná o Nařízení Rady (ES) č. 1257/1999 ze dne 17. května 1999 o podpoře rozvoje venkova z Evropského zemědělského orientačního a záručního fondu (EAGGF) a měnící a rušící určitá nařízení, potom lze konstatovat, že neobsahuje formulace, které by byly stejné nebo obdobné jako výše citované,  neobsahu pojmy "účetní doklad, účetní záznam nebo účetní systém", pokud se jedná o příjemce prostředků.

Zdroj: Ing. Vlasta Holasová