Akční plán podrobným způsobem rozvádí aktivity a specifické činnosti, které jsou v Národním programu stanoveny pro jednotlivé podprogramy tak, jak byly identifikovány na základě Akčních plánů FAO a specifických potřeb v ČR. Akční plán obsahuje pro každou specifickou činnost její popis včetně odůvodnění, odpovědnost za její provádění, předpokládaný výsledek a formu zpracování, harmonogram a indikátory dosažení.

Vzhledem k širokému spektru zemědělsky využívaných genetických zdrojů a z toho plynoucích specifických postupů se Akční plán rozděluje stejně jako strategický dokument Národního programu na tři části podle jednotlivých podprogramů.

Aktivity a specifické činnosti Akčního plánu pokrývají všechny aspekty práce s genetickými zdroji. V rámci jednotlivých podprogramů je jejich zaměření i míra významnosti rozdílná. Velká pozornost je věnována racionalizaci zařazování nových genetických zdrojů do sbírek a kolekcí, vyšší efektivitě práce s genetickými zdroji včetně vyvíjení a optimalizace nových metodických postupů. Ve všech podprogramech je také plánováno doplňování dat a jejich analýza a rozvoj informačních systémů a databází.

Samostatnou problematikou, která je společná všem podprogramům, je prohloubení charakterizace genetických zdrojů pomocí efektivních vědeckých postupů, která je klíčová pro udržitelný rozvoj ex situ konzervace a další využívání genetických zdrojů.