Účelem dohody je stanovit podrobná pravidla pro vzájemnou spolupráci a poskytování informací mezi SZPI a Celní správou ČR (CS) při výkonu úředních kontrol. Spolupráce se týká zejména kontroly dovozu potravin ze zemí mimo EU, včetně těch, které vstupují na území EU v ČR a mají cílovou destinací v jiném státě EU a zajistit tak odpovídající ochranu trhu s potravinami v ČR i společného trhu EU. Vzájemná kooperace se vztahuje mj. i na nezbytná preventivní opatření u potravin, které mohou představovat vážné riziko pro lidské zdraví a potravin, pro které Evropská Komise stanovuje zvláštní podmínky pro dovoz na území EU. Dohoda o výměně informací se týká rovněž potravin určených na vývoz do zemí mimo EU s cílem zabránit vývozu potravin poškozujících lidské zdraví, nebo potravin jinak neodpovídajících právním předpisům.